한국 기독교의 역사는 기독교의 일파인 경교(景敎 Nestorianism)로부터 시작합니다. 7세기 중국에 전래되어 크게 융성했던 경교가 당시 당(唐)과 활발히 교류했던 통일신라에도 유입되었을 것으로 추정됩니다. 한국 천주교는 18세기말 서학에 대한 학문적 관심에 머무르지 않고 천주교 신앙까지 수용하려는 학자들에 의해 성장하기 시작하였습니다. 초기 천주교 신봉자들은 외국인 신부가 입국하기 전에 이미 조선천주 교회를 설립하여 자생적인 신앙기반을 마련하였습니다. 그러나 조선정부의 탄압으로 인해 한불조약(1886년)으로 신앙의 자유를 얻기까지 약 100여년 동안 크고 작은 박해가 끊이지 않았습니다.
한국 개신교 역시 외국인 선교사에 의한 일방적인 선교가 아니라 그들이 들어오기 전에 이미 자체적으로 신앙공동체를 건설하고 성경을 한글로 번역하는 등의 자발적인 참여 속에서 성장하였습니다.
이러한 한국 기독교의 성장은 개화운동 및 민족운동과 결부되면서 한국사회의 근대화에 이바지하였습니다. 한국기독교역사실에는 경주 불국사 안에서 발견된 돌십자가 등 경교 전래 가능성을 보여주는 유물들을 비롯하여 초기 천주교 교리서와 신앙서적, 박해 관련자료 등을 전시하여 천주교의 수용과 성장과정을 이해할 수 있도록 하였습니다. 그리고 한국개신교의 수용 및 발전상을 살펴볼 수 있도록 초기 성경을 비롯하여 각종 찬송가와 외국선교사 관련유물, 일제하 한국교회와 신앙운동 관련유물을 전시하여 한국근대사에서 개신교의 발전 흐름을 이해할 수 있도록 하였습니다.