韓国基督教博物館は建物全体の面積が956坪(3,161㎡), 展示面積が454坪の地下2階, 地上3階の鉄筋コンクリート建物である。
地下1・2階には博物館事務室及び収蔵空間, 地上1・2・3階には展示室がある。

特に地下収蔵庫と地上展示室には恒温恒湿設備など遺物を展示・保存するために最適な環境を維持するための現代的、科学的保存・展示施設が備わっている。