韓国基督教の歴史は基督教の一派である景教(Nestorianism)から始まる。7世紀に中国へ伝来し隆盛した景教が、当時唐と活発に交流していた統一新羅にも流入したものと推定される。

韓国の天主教は18世紀末、西学に対する学問的関心にとどまらず天主教信仰まで受け入れようとする学者たちによって成長をはじめた。初期の天主教信奉者たちは外国人神父が入国する前にすでに朝鮮天主教会を設立して自生的な信仰基盤を築いていた。しかし、朝鮮政府の弾圧によって韓仏条約(1886年)で信仰の自由を得るまでの約100年間、大小の迫害が絶えなかった。

韓国の新教もやはり外国人宣教師による一方的な布教でなく、彼らが入ってくる前にすでに自ら信仰共同体を構築して聖書をハングルに翻訳するなど自発的な参加の中で成長した。このような韓国基督教の成長は開化運動および民族運動と結びつきながら韓国社会の近代化に貢献した。

韓国基督教歴史室には慶州の仏国寺で発見された石十字架など景教伝来の可能性を示す遺物をはじめとして初期の天主教の教理書と信仰書籍、迫害関連資料などを展示して天主教の受容と成長過程を理解できるようにした。そして、初期聖書をはじめとして各種賛美歌と外国宣教師関連遺物、日帝時代における韓国の教会と信仰運動関連遺物を展示して韓国近代史における新教の受容及び発展の流れを理解できるようにした。