숭실대학교 한국기독교박물관은 원래 장로교 목사이자 고고학자인 고(故)김양선(金良善) 교수가 미군정청으로부터 설립허가를 받아 1948년 4월 20일 서울 남산에 있는 옛 조선신궁(朝鮮神宮)터에 '기독교박물관'과 '매산고고미술관'을 개관·운영한 것에서 비롯되었습니다.

하지만 1950년 한국전쟁 발발로 인하여 많은 자료가 분실되고 휴관 상태에 놓여지기도 하였으며, 1953년 휴전과 동시에 다시 개관하였으나 얼마 지나지 않아 박물관 자리가 국회의사당 부지로 결정됨에 따라 1958년 2월 28일 폐관하고 유물은 김양선 교수의 자택으로 옮겨져 보관하게 되었습니다.

그 후 새로운 박물관 신축을 계획하던 중 1967년 7월 21일 소장 자료 3,600여 점을 모교인 숭실대학교에 기증함에 따라 1967년 10월 10일 '한국기독교박물관'으로 새로이 출범하게 되었습니다.

숭실대학교에서는 개교 70주년 기념일인 동년 10월 10일 완공된 구 채플(웨스트민스터 채플) 1층에 전시실을 마련하여 임시 개관하였다가 1976년 1월 19일 교내에 박물관 단독건물을 신축하여 정식 개관하게 되었습니다. 이후 2003년 7월 21세기의 새로운 요구에 부응하기 위해 현대적 전시시설을 갖추고 과학적인 수장공간을 구비한 새 박물관으로 이전하였고 2004년 4월 그간의 소장유물과 발굴유물을 다시 정리하여 '숭실대학교 한국기독교박물관' 으로 재출발하게 되었습니다.